In dem Spiel geht es um einen Jungen namens Sora, der zusammen mit seinen Freunden auf Destiny Island lebt. In letzter Zeit hat er seltsame Gedanken und ihn und seine Freunde Kairi und Riku plagt die Frage, ob es außerhalb der Insel noch andere Welten gibt. Das Verlangen nach einer Antwort wird immer größer als eines Tages eine Gestalt im „Geheimen Ort“, einer versteckten Höhle auf der Insel, auftaucht. Um der Frage nach den anderen Welten nach zu gehen, entschließen sich die drei ein Floß zu bauen, um Destiny Island zu verlassen, jedoch suchen in der Nacht vor dem geplanten Aufbruch seltsame Wesen die Insel heim: Die Herzlosen. Die drei Freunde werden getrennt und in andere Welten verschlagen. Sora landet in Traverse Town und trifft dort auf Donald und Goofy, die auf der Suche nach dem Schlüsselschwertträger und ihrem König Micky sind. Wie sich herausstellt, ist Sora der Träger des Schlüsselschwertes und zusammen machen sich die drei auf, um König Micky, Riku und Kairi zu finden und um die Herzen der Welten zu versiegeln, damit die Gefahr, durch die Herzlosen und die Vernichtung der Welten ein Ende hat.

Die beiden Hauptgegner des Spiels sind, neben den Disney-Bösewichten, Riku, der von der Dunkelheit verschlungen wurde, und Ansem, ein Wissenschaftler, der durch seine Forschungen über die Herzlosen zur Seite der Dunkelheit wechselte.

Im Laufe des Spieles findet der Spieler verschiedene Schlüsselanhänger, die die Eigenschaften des Schlüsselschwertes bestimmen, das Sora mit sich trägt. Die restlichen Ausrüstungsgegenstände, wie die Waffen von Donald (Zauberstab) und Goofy (Schild), Armbänder zum Schutz vor elementaren Angriffen sowie die (meisten) zur Reise zwischen den verschiedenen Welten benötigten Gumisteine, können erstanden werden, ebenso wie die zur Heilung verwendeten Potions. Spezielle Items kann man sich auch aus anderen Dingen und für etwas Geld schmieden lassen.